Von ihrem Mentor, der Ratte Splinter, im Ninja Kampfsport ausgebildet, leben die vier halbgepanzerten Brüder Michelangelo, Donatello, Raphael und Leonardo in der Kanalisation unter den Straßen von New York und sorgen dafür, dass Bösewichte nichts zu Lachen haben und die Einwohner der Stadt ihre Pizza immer ruhig zu Ende essen können. Überall, wo die vier Turtles und ihre menschlichen Freunde April O'Neill und Casey Jones auftauchen, geht mächtig die Post ab. Und gerade jetzt braucht die Welt mehr denn je die Hilfe der Turtles: Dunkle Schatten ziehen durch die Straßen New Yorks und monströse Kreaturen treiben ihr zerstörerisches Unwesen. Könnte der exzentrische Milliardär Max Winters hinter dieser Bedrohung stecken?